Het IJsselmeer (Fries: Iselmar) ontstond door het afsluiten van een deel van de Zuiderzee. De Afsluitdijk werd voltooid op 28 mei 1932 en de officiële naamsverandering vond plaats op 20 september 1932. Het meer werd genoemd naar de rivier de IJssel, die erin uitmondt. Het deel van de vroegere Zuiderzee ten noorden van de Afsluitdijk wordt tegenwoordig tot de Waddenzee gerekend. De Zuiderzee is ontstaan in het begin van de dertiende eeuw na Christus, nadat zeewater tijdens overstromingen het Almaere binnenstroomde. (Zie voor meer informatie wat dit aangaat: oorsprong Zuiderzee). De Romeinen kenden het Almaere onder de naam Flevomeer.
De Waddenzee is ’s werelds grootste aaneengesloten systeem van zand- en moddervlakten die droogvallen tijdens eb. Het gebied bestaat uit het grootste deel van het Deense beschermde Waddenzeegebied, het Nederlandse gedeelte dat beschermd is en de Duitse Nationale Waddenzeeparken in Nedersaksen en Sleeswijk-Holstein. De Waddenzee is een niet erg diep watergebied met een relatief vlakke kust. Het leefgebied heeft getijdengeulen, zeegras-weiden, mosselbanken, zandbanken, wadden, zoutmoerassen, stranden en duinen. Er komen een groot aantal planten- en diersoorten voor, waaronder zeezoogdieren zoals de gewone zeehond, de grijze zeehond en de bruinvis. Het is ook de broedplaats en het overwinteringsgebied voor 10 tot 12 miljoen vogels per jaar. Het gebied is een van de laatst overgebleven grootschalige bij eb droogvallende ecosystemen waar natuurlijke processen blijven functioneren.
Het Markermeer is genoemd naar het voormalige eiland Marken in het zuidwesten van het meer, dat tegenwoordig een met het achterland verbonden schiereiland is. De benaming Markermeer hangt samen met de eerder geplande inpoldering van dit gebied tot de Markerwaard, die inmiddels van de baan is. Het resterende watergebied heet nu Markermeer.
De naam Markermeer wordt pas sinds omstreeks 1975 gebruikt. Daarvoor duidde men het gebied aan als het zuidwestelijke deel van het IJsselmeer, of als (toekomstige) Markerwaard. Door de aanleg van de Houtribdijk of Markerwaarddijk (de weg Enkhuizen-Lelystad) in 1976 werd dit zuidwestelijke deel van het IJsselmeer afgescheiden. Sindsdien kon het worden aangeduid als Markermeer.