Das IJsselmeer entstand durch die Sperrung eines Teils der Zuiderzee. Der Afsluitdijk wurde am 28. Mai 1932 fertiggestellt und am 20. September 1932 offiziell umbenannt. Der See wurde nach dem Fluss IJssel benannt, der in ihn mündet. Der Teil der ehemaligen Zuiderzee nördlich des Afsluitdijk ist heute Teil des Wattenmeeres. Die Zuiderzee entstand zu Beginn des 13. Jahrhunderts nach Christus, nachdem das Meerwasser die Almaere während der Überschwemmungen überschwemmte. (Weitere Informationen finden Sie hier: Zuiderzee Herkunft). Die Römer kannten die Almaere unter dem Namen Flevo Lake.
Das Wattenmeer ist das weltweit größte zusammenhängende System von Sand- und Wattenmeeren, die bei Ebbe austrocknen. Das Gebiet besteht zum größten Teil aus dem dänischen Wattenmeer, dem geschützten niederländischen Teil und den deutschen Nationalparks in Niedersachsen und Schleswig-Holstein. Das Wattenmeer ist kein sehr tiefes Wassergebiet mit einer relativ flachen Küste. Der Lebensraum besteht aus Gezeitenkanälen, Seegraswiesen, Muschelbänken, Sandbänken, Wattflächen, Salzwiesen, Stränden und Dünen. Es gibt eine große Anzahl von Pflanzen- und Tierarten, einschließlich Meeressäugetieren wie Seehund, Seehund und Schweinswal. Es ist auch Brutstätte und Überwinterungsgebiet für 10 bis 12 Millionen Vögel pro Jahr. Das Gebiet ist eines der letzten verbliebenen großen Ebbe-Ökosysteme, in denen natürliche Prozesse weiterhin funktionieren.
Der Markermeer ist nach der ehemaligen Insel Marken im Südwesten des Sees benannt, die heute eine mit dem Hinterland verbundene Halbinsel ist. Der Name Markermeer steht im Zusammenhang mit der früher geplanten Landgewinnung aus diesem Gebiet in den Markerwaard, der inzwischen entfernt wurde. Die verbleibende Wasserfläche heißt jetzt Markermeer.
Der Name Markermeer wird erst seit etwa 1975 verwendet. Dafür wurde das Gebiet als südwestlicher Teil des IJsselmeers oder als (zukünftiger) Markerwaard ausgewiesen. Dieser südwestliche Teil des IJsselmeers wurde 1976 durch den Bau der Straße Houtribdijk oder Markerwaarddijk (Enkhuizen-Lelystad) abgetrennt. Seitdem könnte es als Markermeer bezeichnet werden.